Да, в ряде случаев входит. Само по себе написание (разработка) ПО обычно не считается частью ПНР – это отдельная задача, чаще относящаяся к проектированию или разработке. Но вот установка, инсталляция и базовая настройка уже готового программного обеспечения на оборудование в рамках пусконаладки – это как раз то, что в смету ПНР включить можно.
В сборниках на ПНР (например, в сборнике №2 «Автоматизированные системы управления») для этого есть специальные расценки. В частности, ФЕРп 02-02-001-01 называется «Инсталляция и базовая настройка общего и специального программного обеспечения». То есть если в проекте предусмотрено, что на этапе ПНР нужно поставить ПО на контроллеры, серверы или АРМ (автоматизированные рабочие места), настроить связи, задать базовые параметры – эти затраты осмечиваются отдельно, в том числе с применением этой расценки.
Важное условие: обычно такая расценка применяется, только если ПО закупается отдельно (не идёт в комплекте с оборудованием «из коробки»). Если система поставляется с предустановленной прошивкой, отдельно эту работу, как правило, не выделяют.
Чтобы не было споров, чётко пропишите в программе ПНР и ведомости объёмов работ, какое именно ПО нужно установить, на какое оборудование и какой объём настроек требуется. Это станет железным обоснованием для сметчика, чтобы включить соответствующую строку в смету.